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Spectrométrie de masse

Site de Phylogene dédié à la Spectrométrie de Masse.
Les développements récents de cette technologie impactent fortement les possibilités d’identification et d’authentification, en particulier  pour les protéines
Nos services s’adressent aussi bien à des entreprises dans l’agroalimentaire, l’environnement, la biotechnologie, la pharmacie, la cosmétique, qu’à des laboratoires  de recherche publique ou  universitaire.
Notre but est de vous permettre d'aborder des méthodes analytiques de pointe, de produire et convertir des données complexes en résultats pertinents de haute valeur ajoutée.
Bonne visite !
 

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PROTEOMIQUE

La protéomique a beaucoup évolué récemment, en particulier grâce à la Spectrométrie de Masse.

Cette technologie complexe est maintenant rentrée dans les laboratoires d'analyse, hospitaliers par exemple. Il est maintenant possible par MALDI-TOF d'identifier l'espèce bactérienne à partir d'une colonie.

Dans la Spectrométrie de Masse en tandem, le mode SRM (Selected Reaction Monitoring) est venu fortement améliorer la quantification des protéines.

Ceci permet également de traiter des échantillons complexes sans mettre en oeuvre au préalable de longues et coûteuses méthodes d'extraction des protéines.

L'identification non ciblée (dite shotgun proteomics) et la quantification relative des protéines (dite label-free) atteint également des performances qui permettent la comparaison d'échantillons traité vs témoin ou pathologique vs sain.

Ces nouvelles avancées produisent des quantités importantes de données et nécessitent de nouveaux outils de bioinformatique pour les traiter efficacement, tels que notre module CORAVALID.

Des progrès intéressants dont on peut bénéficier..

BREVES

CIBLE VS NON-CIBLE

Nos approches des effets d'un médicament ou d'un ingrédient actif en cosmétique sont étroitement dépendantes des techniques analytiques à notre disposition. Les 40 dernières années ont été éclairées par des techniques ciblées  comme l'ELISA ou la PCR: On va suivre, avec une spécificité étroite, une molécule particulière qui a été identifiée, au prix de longues recherches, comme "le" marqueur du phénomène biologique qui nous intéresse. On recherche des effets positifs sur un phénomène biologique, puis on regardera ensuite les effets négatifs.

Plus récemment, les techniques de séquençage haut-débit ou de LC-MS/MS haute résolution ont infléchi les approches. En effet, on peut identifier et même quantifier des milliers de molécules à la fois, sans les cibler au préalable. Ces techniques génèrent des masses de données à traiter qui nous ont amené à développer rapidement des méthodes complémentaires de Biostatistique et Bioinformatique comme CORAVALID chez MS PHYLOGENE.

Aussi, au vu des résultats, on observe des réactions classiques: "Où est mon marqueur?". "Pourquoi toutes ces molécules bougent-elles?". " C'est bien plus compliqué que ce que je pensais, alors je ne regarde que ça d'abord..".

N'ayons pas de crainte de ces approches innovantes. Il est particulièrement fructueux, par exemple, d'appréhender des effets moléculaires sur le protéome d'une cellule par comparaison des protéomes testé vs témoin. On voit rapidement l'impact, positif ou négatif, sur les voies métaboliques, les fonctions biologiques ou moléculaires, les composants cellulaires et les interacteurs. Il est bien plus intéressant d'avoir ces informations à ce stade précoce pour éviter de les découvrir dans une phase ultérieure de développement à un coût forcément bien plus élevé!

Au labo ces derniers temps

En nanoLC-TTOF 5600

Comparaison quantitative des protéomes de S. cerevisiae en label-free..... Comparaison quantitative de biopsies à évolution métastatique à des biopsies non évolutives..... Méthode de dosage MRM d'OMPs de bactéries pathogènes..... Identification shotgun de protéines de membrane végétale dans un extrait..... Comparaison quantitative d'extraits de SC traités/non-traités..... Etude de cible par ABPP (Activity Based Protein Profiling)..... Etude comparative de cellules  infectées HSV1..... Comparaison quantitative de protéomes de cellules immunitaires activées/non activées

News

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Nutrition: Etudier les effets d'un ingredient sur le muscle

Métabolisme des plantes: Protéomique et phosphoprotéomique pour étudier les effets

Interactions hôte et microbiome: La métaprotéomique est l'outil privilégié

DayOne de l'Open Innovation des Laboratoires Pierre Fabre: Nous avons présenté la plateforme TissueScreen commune à Histalim et Phylogene: de la biobanque à l'Antibody Drug Conjugate.

Synergy meeting à Modène sur les projets FP7 de développement de médicaments pour les Maladies Parasitaires Négligées. Le projet KINDRED auquel nous participons est l'un des 4 projets. Notre poster sur le profiling des kinases et des inhibiteurs de kinases.

SID 2016 (Society for Investigative Dermatology) Notre poster avec DSM sur les effets des UVs sur le stratum corneum évalués avec la protéomique HR en quantification relative

FFPE et CANCEROLOGIE: La protéomique à partir de coupes disponibles utilise très peu de matériel pour sortir des biomarqueurs ou comprendre les mécanismes.

COSMETOLOGIE: Suivi des oxydations par les UVs

AMELIORATION DES PLANTES: La protéomique et la métabolomique sont matures

MICROBIOME DE LA PEAU: Métagénomique et protéomique pour étudier le microbiome de la peau.

JOURNEES JP MARTY: PEAU ET MICROORGANISMES 8-9/12/2015: Ces journées fort intéressantes ont fait le point sur l'aventure du microbiote de la peau qui débute.

BIOMARKER AND DISCOVERY WORKFLOW: notre poster à l'EBF 2015

ANTIBIORESISTANCE: L'impact des tests rapides sur le mauvais usage des antibiotiques

METAPROTEOMIQUE DE NOTRE MICROBIOME: Les évolutions de la LC-MS/MS en label-free permettent l'investigation des protéines du microbiome et l'impact sur la peau ou l'intestin.

RESISTANCE AU STRESS ET PRODUCTIVITE DES SEMENCES: Une revue sur les avancées en protéomique des plantes par  LC-MS/MS. De nombreux outils sont maintenant efficaces, aussi disponibles chez MS-PHYLOGENE.

ANTIBIORESISTANCE MS-PHYLOGENE utilise désormais sa base de données PROTABIORES pour la caractérisation par les protéines impliquées des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Cette base de peptides et protéines utilisable par LC-MS/MS contient 53000 entrées en Septembre 2015.

DERMATOLOGIE ET BIOMARQUEURS: Une étude comparative par LC-MS/MS non ciblée d'échantillons de peau de patients psoriatiques a permis d'identifier 47 protéines qui bougent, qui sont ensuite suivies par méthode ciblée MRM, pour n'en retenir que 8 et poursuivre les validations. Un worflow de routine?

OPHTALMOLOGIE: Après l'utilisation des larmes pour identifier des biomarqueurs des maladies de l'oeil, une étude récente a permis d'identifier par LC-MS/MS des biomarqueurs dans le sérum

CANCER: L'étude des phosphoprotéines et des réseaux de signalisation concernés permet de comprendre les phénomènes induits dans les lignées cellulaires comme dans les biopsies

COSMETOLOGIE: Etude sur la souris des effets des UVB et définition de biomarqueurs. Notre expérience est différente chez l'homme d'où l'intérêt de rester en non-ciblé pour être sur de suivre l'ensemble des phénomènes.

METHODE LC-MS/MS MRM ou ELISA? Savez-vous qu'une méthode LC-MS/MS MRM multiplex peut avantageusement remplacer 20 méthodes ELISA au coût de développemenr d'une méthode ELISA?

Phylogene sera présent à Bio-Spring Europe à Paris, du 19 au 21/03/2015

COSMETOLOGIE: Tests d'objectivation par comparaison des protéomes de fibroblastes, kératinocytes, explants de peau, peau reconstituée, D-squame, écouvillons, matrices extra-cellulaires.. Nous consulter.

NEWS COSMETIQUE: Les effets des UV, les désordres de la peau à travers le protéome des fibroblastes, le microbiome cutané appréhendés en protéomique HR

CICATRISATION ET REGENERATION TISSULAIRE: Mise en évidence des protéines d'intérêt par label-free LC-MS/MS

KYOMED: MS Phylogene est acteur de Kyomed, entreprise intégrant l'ensemble des services nécessaires au développement de solutions thérapeutiques et diagnostiques. Kyomed s'appuie, pour les projets qu'elle réalise, sur les compétences de nombreux acteurs dont les CHU de Montpellier et Nîmes, l'EFS, Acobiom, Amylgen, Ceiso, Histalim... . MS Phylogene apporte ses compétences dans les axes Biomarqueurs et Bioinformatique. Voir kyomed.com

CANCEROLOGIE: Un exemple de comparaison de biopsies.

CANCEROLOGIE: Kinome et inhibiteurs de kinases par LC-MS/MS. Nous consulter pour ces évaluations

MALADIES INFECTIEUSES: Le processus infectieux viral du virus de la Dengue suivi en protéomique haute résolution. Nous consulter

VACCINS: Les "Outer Membrane Vesicles" comme source d'antigènes vaccinaux

CELLULES SOUCHES: Mécanismes et biomarqueurs de différenciation par protéomique HR

DIABETE: La néphropathie diabétique par label-free LC-MS/MS pour comprendre la maladie.

TOURNESOL: L'hétérosis des feuilles en protéomique label-free.

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COSMETIQUE: Lors de Cosmetic days 2014, PHYLOGENE a présenté le poster "High-resolution nano LC-MS/MS proteomics and CORAVALID data processing: For a new approach of substantiation tests"

 

BIOINFORMATIQUE ET BIOSTATISTIQUE: CORAVALID

Les données de sortie de LC-MS/MS sont denses et complexes à analyser et prennent de ce fait beaucoup de temps à nos clients.

CORAVALID effectue une analyse complémentaire des données d’identification et de quantification relative avec une succession de tests statistiques, qui permet d’exploiter toute la richesse de vos données de protéomique LC-MS/MS.

 

PHYLOGENE spectrométrie de masse a été retenu pour un financement EUROSTARS de son projet NOSO-FIGHT sur les infections associées aux soins

PHYLOGENE spectrométrie de masse est impliquée dans le projet ID-THON financé FUI sur l'identification des espèces de thons.

PHYLOGENE spectrométrie de masse est partenaire du projet KINDReD, projet FP7-Health-2013 Innovation de 36 mois et de 14 partenaires dont la vocation est de développer des candidats médicaments anti-parasitaires. PHYLOGENE-spectrométrie de masse est WP leader sur la recherche de cibles.


PHYLOGENE sera présent à EIC 2013 les 25 et 26 Septembre à Montpellier./Local/msphylogene/files/70/NEWS.32.Metaproteomics.for.human.and.microbiome.interactions.pdf